Far Cry 3 rozpoczyna się w momencie pobytu przyjaciół na wakacjach. Wkrótce przyjaciele trafiają na wyspę Rook Island na której zostają porwani przez piratów. Głównemu bohaterowi udaje się uciec kosztem śmierci starszego brata. Następnie bohater dołącza do ruchu oporu i stopniowo odbija przyjaciół jednocześnie zabijając przywódcę piratów i jego szefa po czym ucieka z wyspy z przyjaciółmi.